Dr. Banu AVCIOĞLU

BANU AVCIOĞLU DÜNDAR
(Gıda Mühendisi / Uzman Biyoteknolog / Patent Uzmanı)
E-posta: [email protected]
ÖĞRENİM DURUMU:
2001- 2008 Doktora Biyoteknoloji Programı, ODTÜ, Ankara
1997- 2000 Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Programı, ODTÜ, Ankara
1993- 1997 Lisans, Gıda Mühendisliği Bölümü, ODTÜ, Ankara
ARAŞTIRMA DENEYİMİ
Burslar/Ödüller
Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu’ndan (TÜBİTAK) alınan Yurt İçi
Doktora Sonrası Araştırma Bursu’yla Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü ve
Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü’nde “Pamuk Yaprak Kurdu’nda (Spodoptera
littoralis) Asetilkolinesteraz’ın cDNA’sının Eldesi ve Tanımlanması” konulu araştırma
(01/06/2010-01/12/2010)
Pamuk Yaprak Kurdu’nda (Spodoptera littoralis) Asetilkolinesteraz’ın cDNA’sının elde
edilmesi için dejenere primerlerle asetilkolinesterazın PCR çoğaltımı, PCR ürünlerinin
klonlanması, bu ürünlerin DNA dizilerinin çıkartılması ve RACE (Rapid Amplification
of cDNA ends = cDNA uçlarının hızlı çoğaltımı) yöntemi gibi yöntemler kullanılmış ve
cDNA’nın bir kısmı ortaya çıkartılmıştır.
Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu’ndan (TÜBİTAK) alınan bursla, ABD
Pullman ilçesi Washington Devlet Üniversitesi WSU-USDA-ARS’nin Tane Baklagil
Genetiği ve Fizyolojisi Araştırma Birimi’nde (Grain Legume Genetics and Physiology
Research Unit) doktora süresi içinde araştırma (12/03/2007-12/06/2007)
Nohuttaki Ascochyta rabiei’nin yol açtığı hastalıkla alakalı aday genlerle ilgili olan
doktora çalışmasında elde edilen ifade olan dizi etiketlerinin (EST) genetik harita
üzerindeki yerleri araştırılmış ve iki tanesi güncel nohut genetik haritasına
yerleştirilmiştir (genetik bağlantı analizi). Farklı ifade olan veya gene özgü primerlerle
bulunan EST’lerin bu patojenin saldırısına karşı tepkileri, gerçek zamanlı polimeraz
zincir tepkimesiyle (qRT-PCR) ölçülmeye çalışılmıştır. Bir aday gen, bakteri yapay
kromozomları (BAC) kütüphanesinde taranmıştır. “Li-Cor DNA Analyzer”,
“LightCycler for Real-Time PCR” gibi cihazlar kullanılmış ve radyasyon güvenliği
kursuna katılım sağlanmıştır.
Doktora Tezi
Ascochyta Rabiei İnokulasyonlarına Karşı Nohutta Oluşan Ekspresyon Profili
Özet: Tolerat bir nohut (Cicer arietinum) çeşidi kullanılarak, nohutta A. rabiei
enfeksiyonuna karşı ifade bulan genlerin veya bunların parçalarının bulunması
amaçlanmıştır. Dirençlik geni analogları (RGA) ve hastalıkla ilgili genlerin cDNA’da
PCR’la çoğaltımı ile mRNA farklılık gösterimi ters transkripsiyonu (DDRT) kullanılarak
ifade olan gen parçaları elde edilmeye çalışılmıştır. Sabit veya farklı ifade olan
EST’lere ait PCR ürünleri klonlanmıştır. Dizileri belirlenen EST’ler tahmini “moleküler
işlev”, “biyolojik işlem” ve “hücre bileşeni” görevlerine göre sınıflandırılmıştır. Bazı
EST’ler için değişik enfeksiyon aşamalarına ilişkin gerçek zamanlı qRT-PCR analizi
yapılmıştır. İki EST etiketi nohut genetik haritasına yerleştirilmiştir. Değişik cihazların
(“thermal cycler”, Stratagene Real-Time PCR, dizileme (PAGE) ve agaroz jel
elektroforez cihazları vb) yanısıra çeşitli yöntemler (RNA, mRNA, DNA izolasyonu,
RT-PCR, klonlama, dizi verilerinin analizleri, primer tasarlama, çeşitli PCR
yöntemleri, radyoaktif PAGE vb).
Yüksek Lisans Tezi
Ksilanaz Üreticilerinin İzolasyonu İçin Toprak Mikroorganizmalarının Taranması
Özet: Kağıt sanayisinde kullanılmak üzere ksilanaz üreten mikroorganizmaların
taranması amaçlanmıştır. Çeşitli toprak örneklerinden bakteriler izole edilmiş,
ksilanaz aktiviteleri ölçülmüştür. En iyi üreticinin Bacillus türü bir bakteri olduğu tespit
edilmiş ve ksilanaz üretimi koşulları iyileştirilmiştir. pH ve sıcaklığa göre ksilanaz
aktivitesindeki değişiklikler tespit edilmiştir. Bakteri suşu, ksilanaz aktivitesinde artış
sağlamak için UV mutasyonuna tabi tutulmuştur. Değişik spektrofotometre, kuluçka
ve ilgili cihazlarının yanısıra; mikroorganizma izolasyonu/tanımlanması, aseptik
teknikler, UV mutasyonu, enzim aktivitesi ve protein miktarı ölçümü gibi teknikler
kullanılmıştır.
İŞ DENEYİMİ:
10/2011- Devam
Araştırmacı, Biyans Biyolojik Ürünler Ar-Ge Dan.Ltd.Şti., Ankara
06/2010-12/2010 Doktora sonrası araştırmacı, Ankara Üniversitesi, Ankara
12/2008-10/2009 Serbest danışmanlık (Sivil Toplum Geliştirme Merkezi)
09/2001- 09/2008 Doktora Biyoteknoloji Programı, (ODTÜ), Ankara
07/2003-10/2003 Patent Uzmanı; Uluslararası İlişkiler Dairesi Başkanlığı–Türk Patent
Enstitüsü (TPE).
04/2001–07/2003 Patent Uzmanı; Patent Dairesi Başkanlığı, TPE.
12/1997- 04/2001 Patent Uzman Yardımcısı, Patent Dairesi Başkanlığı, TPE.
YAYIN ve SUNUMLAR
Biyoteknoloji-Moleküler Biyoloji
-
-
Avcıoğlu‐ Dündar, B., Gürkan, O. Pamuk Yaprak Kurdunun (Spodoptera littoralis)
Asetilkolinesteraz Geni cDNA’sının Eldesi. (poster). PH010. Bildiri Kitabı. s:1326.
21. Ulusal Biyoloji Kongresi. 3-7 Eylül 2012, İzmir.
Avcıoğlu‐ Dündar, B., McPhee, K., Okubara, P., Akkaya, M. Comparison of
Expression Levels of Ascochyta Blight (Ascochyta rabiei ) Responding ESTs in
Chickpea X Pathotype Interaction Couples. (poster). PH011. Bildiri Kitabı. s:1327.
21. Ulusal Biyoloji Kongresi. 3-7 Eylül 2012, İzmir.
-
-
-
-
-
-
Molla,D., Toksöz, S., Yurtkuran, Z., Avcıoğlu Dündar, B. Evcil Kanaryada
(Serinus canaria domestica) DNA‐ Eşey Tayini. (poster). PH113. Bildiri Kitabı.
s:1418. Bildiri Kitabı. s:1327. 21. Ulusal Biyoloji Kongresi. 3-7 Eylül 2012, İzmir.
Rajesh, P.N. Avcioglu, B., Nayak, S., Winter, P., Varshney, R., McPhee, K.,
Zhang, H., Muehlbauer, F., Chen, W. Integration of Additional Molecular Markers
and Genetic Analysis of Ascochyta Blight Resistance In Chickpea. Poster no:
P386. Plant & Animal Genomes XVI Conference. January 12-16, 2008. Town &
Country Convention Center, San Diego, CA.
Avcıoğlu-Dündar, Akkaya, M.S. 15. Ascochyta rabiei yanıklığı hastalığına karşı
dirençlik mekanizmasında yer alan olası nohut genlerinin analizi (Poster). 15.
Biyoteknoloji Kongresi, Biyoteknoloji Derneği, 28-31 Ekim 2007, Antalya.
Avcıoğlu-Dündar, B., Bayraktar, H., Dolar, S., Akkaya, M.S. Nohut (Cicer
arietinum L.) Ascochyta rabiei yanıklığı hastalığına karşı dayanıklılık
mekanizmasında rol alan genlerin saptanması (Poster). 14. Biyoteknoloji
Kongresi, Biyoteknoloji Derneği, 31 Ağustos-2 Eylül 2005, Eskişehir.
Avcioglu, B. Eyupoglu, B. Bakir, U. Production and characterization of xyalanses
of a Bacillus strain isolated from soil. World Journal of Microbiology and
Biotechnology. vol. 21:65–68. 2005.
Avcıoğlu, B., Bakır, U. Toprak Mikroorganizmalarının Taranarak Ksilanaz Üreten
Bacillus İzolasyonu, Kültür Koşullarının Belirlenmesi ve Enzimin Kısmi
Karakterizasyonu. 12. Biyoteknoloji Kongresi, Biyoteknoloji Derneği, 17-21 Eylül
2001, Balıkesir.
Patent ve Fikri Mülkiyet
Yayın, Bildiri, Sunum
-
-
-
-
Avcıoğlu-Dündar, B. Tarımsal Açıdan Önemli Bitki Genetik Kaynaklarının Kayıt
Altına Alınması Hakkındaki Çalışmanın Değerlendirilmesi. Kırsal Çevre Yıllığı.
2008. s: 43-61.
Avcıoğlu, B. Biyoteknolojik Buluşlar ve Genetik Kaynaklar. Avrupa Birliği ve
Türkiye’de Sınai Haklarda Son Gelişmeler Kongresi. Fikri ve Sınai Haklar
Araştırma ve Uygulama Merkezi (FISAUM). 10 Ekim 2003. Ankara. (ISBN:975482-682-X). s: 107-124
Avcıoğlu, B. Genler ve Canlılar Patentlenebilir mi? Biyoteknolojik Buluşların
Patentle Korunmasında Türkiye’deki Uygulama. Türk Patent Enstitüsü Bülteni. Yıl:
1, No: 4, s: 17-20. 2002.
Avcıoğlu, B., Korkmaz, M. Faydalı Model mi, Tasarım mi? Türk Patent Enstitüsü
Bülteni. Yıl: 1, No:3, s: 20-21. 2002.
Avcıoğlu, B. Biyoteknolojik Buluşlar. Uzmanlık Tezi. Ocak 2001.Türk Patent
Enstitüsü. Ankara
Diğer
-
-
Avcıoğlu, B. Türkiye’deki Tabiatı Koruma Alanlarının Özellikleri ve Başlıca
Sorunları. Korunan Doğal Alanlar Sempozyumu. Isparta Süleyman Demirel
Üniversitesi Orman Fakültesi, 8-10 Eylül 2005. (poster)
Kırsal Çevre’in Camili (Macahel) Deneyimi. Hizmet içi eğitim. Milli Parklar, Av ve
Yaban Hayati Genel Müdürlüğü. 2-5 Nisan 2002. Bursa. (sunum)