Kullanım Talimatları - IVD Bacterial Test Standard

Kullanım Talimatları
IVD Bacterial Test Standard
Tipik Escherichia coli DH5 alfa peptit ve protein profilini ve ek proteinleri
gösteren kütle kalibrasyonu standardı.
Matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanlı kütle
spektrometresi (MALDI-TOF-MS) ile kullanım için.
CARE ürünleri, dünya çapındaki müşterilerimize yüksek kalitede sarf malzeme,
aksesuar ve özel kitlerle destek vermek üzere tasarlanmaktadır.
CARE ürün yelpazesi, tüm Bruker Daltonics sistemleriyle kullanım için özellikle
optimize edilmiş ve belgelendirilmiştir.
Dil: tr
www.bruker.com/care
Düzeltme D (Aralık 2015)
Bruker
1 Kullanım Amacı
2
2 Ürün Açıklaması
2
3 Kontrol, Depolama ve Stabilite
3
3.1
Varışta Kontrol
3
3.2
Varışta Depolama
3
3.3
Alikuot sonrası Depolama
3
4 Risk ve Güvenlik Bilgileri
3
5 Yazılım Gereksinimleri
4
6 IVD BTS Örnek Hazırlama Prosedürü
4
6.1
IVD BTS Standardının Çözünmesi İşlemi ve Alikuotların Hazırlanması
5
6.2
Bir MALDI Hedefi üzerinde IVD BTS Örneği Hazırlanması
5
7 Bruker MALDI-TOF Kütle Spektrometre Sisteminin IVD BTS Kullanılarak Kalibrasyonu
6
7.1
Kullanılan Kalibrasyon Noktaları
6
7.2
Kalibrasyon Prosedürleri
6
7.2.1 Manuel Kalibrasyon Prosedürü
6
7.2.2 Otomatik Kalibrasyon Prosedürü
9
8 Üretici
1
12
Kullanım Amacı
IVD Bacterial Test Standard, Bruker MALDI- TOF kütle spektrometrelerinin kalibrasyonu ve
optimizasyonu için in-vitro bir tanımlama ürünüdür ve aynı zamanda insan numunelerinden yetiştirilen
mikro organizmaların tanımlanmasında da performans kontrolü için kullanılır.
2
Ürün Açıklaması
IVD Bacterial Test Standard ('IVD BTS' olarak adlandırılır), MALDI- TOF kütle spektrumlarında
karakteristik bir peptit ve protein profili gösteren, dikkatle üretilmiş Escherichia coli DH5 alfa ekstratı
içermektedir. Ekstrat, IVD BTS tarafından kapsanan kütle aralığının üst sınırını genişleten iki ilave
proteinle yüklenir. IVD BTS tarafından kapsanan toplam kütle aralığı 3,6 ila 17 kDa'dır.
Her tüp MALDI plakası üzerindeki 40 noktaya yeterli olacak miktarda malzemeyi içerir.
Bu kit, bir in-vitro tanısal cihazdır.
Sipariş Bilgileri
Ürün
Parça Numarası
IVD Bacterial Test Standard, 5 tüp
Sayfa 2 / 12
# 8290190 veya # 290190
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Düzeltme D
Bruker
3
Kontrol, Depolama ve Stabilite
3.1
Varışta Kontrol
IVD BTS paketi elinize ulaştığında kontrol edin. Hasar görmüşse, tüpleri kontrol edin. Eğer tüpler hasar
görmüşse, IVD BTS kullanılmamalıdır. IVD BTS (tüpler ve paketi), Ürün Malzeme Güvenlik Veri
Sayfasında özetlenen talimatları izleyerek atın ve değişim için Bruker ile irtibat kurun.
3.2
Varışta Depolama
–18°C IVD BTS ortam sıcaklığında sevk edilmiştir, ancak varış sonrası
derhal –18°C veya altında depolanmalıdır. Kapalı IVD BTS için paket üzerindeki
son kullanma tarihi, varıştan sonra –18°C veya altında depolandığında geçerlidir.
3.3
Alikuot sonrası Depolama
IVD BTS kullanım öncesi çözünürleştirilmelidir. Çözünmüş IVD BTS’nin alikuot edilmesini ve vidalı
kapağı (Sarstedt, # 65.716.002) olan 0,5 mL vidalı kapaklı mikro tüplerde (örneğin, Sarstedt, #
72.730.003) dondurulmasını tavsiye ederiz..
–18°C Donmuş, çözülmüş IVD BTS –18°C veya altında 5 aya kadar depolanabilir.
4
Risk ve Güvenlik Bilgileri
Bu ürün, Düzenleme (EC) No. 1272/2008'e göre sınıflandırılmamıştır ve dolayısıyla Kimyasalların
Sınıflandırılması ve Etiketlenmesi Konusunda Küresel Uyumluluk Sistemi'ne (GHS) göre de
sınıflandırılmamıştır. Üretici deneyimlerine göre, şartnamelere uygun olarak kullanıldığında ve
çalışıldığında, ürünün zararlı bir etkisi yoktur. Ancak, tüm malzemeler bilinmeyen tehlikeler ihtiva
edebilir ve dikkatle kullanılmalıdır. Daha fazla bilgi için, www.bruker.com/msds adresinden indirilebilen
Malzeme Emniyet Veri Sayfasını okuyun.
Bu kullanım kılavuzunda tanımlanan prosedürleri uygulayabilmek için ek kimyasallar gerekebilir.
Tedarikçi firma tarafından sağlanan Malzeme Emniyet Veri Sayfasını dikkatlice okuyun ve kimyasal
veya biyo- tehlikeli malzemeleri elinize alırken genel emniyet kurallarına uyun.
Düzeltme D
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Sayfa 3 / 12
Bruker
5
Yazılım Gereksinimleri
Belirli yazılım sürümlerinin/kombinasyonlarının IVD BTS’yi desteklemesi için ücretsiz bir yazılım
yaması gereklidir (bkz. Tablo 1). Kurulum desteği için lütfen yerel Bruker Daltonics Servis Ekibi ile
iletişime geçin.
Tablo 1
Yazılım yaması gereksinimleri
Yazılım sürümü
Compass Sürüm
1.4
1.3
1.2
1.1
1.0
flexControl Sürümü
3.4
3.3
3.0
2.4
2.2
Yazılım yaması
gerekli mi?
2.0
1.2
1.1
Hayır Hayır Evet Evet Evet Evet Evet Evet
6
IVD BTS Örnek Hazırlama Prosedürü
Not
İş akışınız kurallarla belirlenmiş IVD BTS örneği hazırlama yöntemleri içeriyorsa, aşağıdaki
prosedür kullanılmamalıdır (örneğin: IVD MALDI Biotyper SOP).
Başlangıç Notları
Örneğin gereken şekilde hazırlanmaması, hassasiyet derecesini azaltacaktır ve düşük çözünürlük ve
zayıf tekrarlanabilirliğe neden olacaktır. MALDI aracılığıyla iyonların üretilmesi, matriks maddesinin
analitle ideal oranına bağlı olarak değişen bir durumdur. En iyi sonuçlar için, yeni hazırlanmış
çözeltilerin ve mümkün olan en yüksek saflıktaki kimyasalların kullanılması önerilir (örn.
CHROMASOLV LC-MS çözeltileri).
Gerekli Kimyasallar ve Malzemeler
l
HCCA (α-siyano-4-hidroksisinnamik asit) matris çözeltisi1
o
IVD Matrix HCCA-portioned (# 8290200 veya # 290200)
veya
o
l
Matrix HCCA, portioned (# 8255344 or # 255344)
Bruker Daltonik GmbH tarafından test edilmiş ve IVD BTS'in çözünürleştirilmesi için tavsiye
edilen Sigma-Aldrich (# 19182) standart solvent (asetonitril %50, su %47,5 ve trifloroasetik asit
%2,5).
l
Vidalı kapaklı (Sarstedt, # 65.716.002) vidalı kapaklı mikro tüpler (Sarstedt, # 72.730.003).
l
Prosedür için seçilmiş olan tipte MALDI plakası.
Gerekli Ekipman ve Araçlar
Santrifüj, pipet, pipet uçları
1Kullanım ilgili kılavuzunda açıklandığı gibi HCCA matris çözüm hazırlayın.
Sayfa 4 / 12
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Düzeltme D
Bruker
6.1
IVD BTS Standardının Çözünmesi İşlemi ve Alikuotların
Hazırlanması
1. IVD BTS pelete 50 µL standart çözücü ekleyin ve oda sıcaklığında en az 20 defa yukarı ve aşağı
pipetleyerek çözün.
Çözeltinin köpüklenmesinden sakının!
2. Çözeltiyi 5 dakika oda sıcaklığında inkübe edin ve ardından en az 20 defa yukarı ve aşağı
pipetleyerek karıştırın.
3. Oda sıcaklığında, 2 dakika, 13.000 dev/dak'da santrifüjleyin.
4. Üst fazın alikuatından 5 µL’yi vidalı kapaklı mikro tüplere pipet le ekleyin ve tüpleri sıkıca kapatın.
5. Alikuotları –18°C veya altında depolayın.
6.2
Bir MALDI Hedefi üzerinde IVD BTS Örneği Hazırlanması
Not
Donmuş IVD BTS alikuotları oda sıcaklığında çözdürülmelidir ve vidalı kapaklı mikro tüp
parmakla hafifçe vurarak karıştırılmalıdır. Her bir 5 µL alikot, en az dört örnek noktası için
yeterli malzemeyi içerir. Vidalı kapaklı mikro tüpler, IVD BTS örnekleri hazırlandıktan hemen
sonra tüpün ağzı kapatılmalı ve –18°C veya altında depolanmalıdır.
1. MALDI hedefinin herhangi bir konumu üzerine 1 µL IVD BTS çözeltisi ekleyin.
2. IVD BTS örneğini oda sıcaklığında kurutun.
DİKKAT
Örnekler kuruduktan sonraki 30 dakika içerisinde, örneklere HCCA matris solüsyonu
eklenmemiş ise, bu pozisyonlar test edilemez.
3. IVD BTS örnek noktasını kuruttuktan hemen sonra üzerine 1 µL IVD HCCA matriks çözeltisi
ekleyin. IVD BTS örnek noktasının üzerinin IVD HCCA matriks çözeltisi ile kaplandığından emin
olunuz.
4. Örneği oda sıcaklığında kurutun.
Homojen bir preperasyon gözlenmelidir.
Düzeltme D
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Sayfa 5 / 12
Bruker
7
Bruker MALDI-TOF Kütle Spektrometre Sisteminin
IVD BTS Kullanılarak Kalibrasyonu
7.1
Kullanılan Kalibrasyon Noktaları
Tablo 2
±300 ppm kütle tolerans limiti ile kalibrasyon noktaları
Protein
Referans kütle (ortalama kütle)
± 300 ppm
RL29 [M+2H]2+
3637,8 Da
3636,7 Da – 3638,8 Da
RS32 [M+H]+
5096,8 Da
5095,3 Da – 5098,3 Da
RS34 [M+H]+
5381,4 Da
5379,8 Da – 5383,0 Da
RS33meth [M+H]+
6255,4 Da
6253,5 Da – 6257,3 Da
RL29 [M+H]+
7274,5 Da
7272,3 Da – 7276,7 Da
RS19 [M+H]+
10.300,1 Da
10.297,0 Da – 10.303,2 Da
RNAse A [M+H]+
13.683,2 Da
13.679,1 Da – 13.687,3 Da
Miyoglobin [M+H]+
16.952,3 Da
16.947,2 Da – 16.957,4 Da
7.2
Kalibrasyon Prosedürleri
Hem manuel, hem de otomatik kalibrasyon prosedürleri mevcuttur. Manuel prosedür tüm flexControl
sürümleri ile kullanılabilirken, otomatik prosedür için flexControl 3.3 veya üzeri gereklidir.
7.2.1
Manuel Kalibrasyon Prosedürü
1. IVD
BTS
örneği
ile
hazırlanan
spektrometresi içerisine yerleştirin.
MALDI
hedefini
MALDI- TOF
kütle
2. flexControl'ün çalıştığından emin olun.
3. Ölçüm ve kalibrasyon için standart flexControl yöntemini MBT_FC.par (Doğrusal ve Pozitif mod)
kullanın.
4. Toplam spektrumu, IVD BTS noktası üzerindeki farklı tarama konumlarından 6 x 40 lazer atımını
toplayarak manuel olarak ölçün. İstenen her tarama konumu için, Start düğmesine tıklayın
ve ardından Add düğmesine tıklayarak
toplam 240 lazer atımını
şeklinde gösterildiği gibi kaydedin. Lazer enerji seviyesi optimize edilmelidir.
Sayfa 6 / 12
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Düzeltme D
Bruker
Opsiyonel: Alternatif olarak, bir toplam spektrum şu şekilde otomatik olarak ölçülebilir:
l
AutoXecute sekmesine tıklayın
Aşağı açılan Method listesinden MBT_AutoX autoX yöntemini seçin (Şekil 1)
l
Run method on current spot
l
Şekil 1
düğmesine tıklayın.
AutoXecute sekmesinin, otomatik toplam spektrum ölçümü için MBT_
AutoX yöntemi ile seçimi
Bu, toplam spektrumunu otomatik olarak ölçer.
5. Mevcut olarak görüntülenen tekli spektrumu gizlemek için Single Buffer araç çubuğu düğmesine
tıklayın
. Bu, Sum Buffer araç çubuğu düğmesini etkinleştirir
görüntüler.
6. Smooth Spectrum araç çubuğu düğmesine tıklayarak
2).
Şekil 2
ve ölçülen toplam spektrumu
toplam spektrumu düzgünleştirin (Şekil
Düzgünleştirilmiş IVD BTS toplam spektrumu
7. Calibration sekmesine tıklayın ve aşağı açılır Mass Control List listesinden MBT_Standard
kalibrasyon dosyasını seçin (Şekil 3).
Şekil 3
Mass Control List’i gösteren Calibration sekmesi
8. Doğru kalibrasyon piklerini otomatik olarak seçmek için Automatic Assign düğmesine
tıklayın.
Düzeltme D
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Sayfa 7 / 12
Bruker
9. Kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesinin doğru çalışıp çalışmadığını kontrol edin. Kalibrasyon
pik listesi, tüm piklerin belirlenmiş olduğunu ve herhangi bir pik için maksimum Err/ppm sapmasının
±300 ppm değerinden çok olmadığını göstermelidir (Şekil 4).
Şekil 4
Tüm pikler belirlenmişken ve maksimum Err/ppm sapması tüm pikler için ±300 ppm
değerinden azken kalibrasyon piklerinin otomatik belirleme sonucu
Sonuca bağlı olarak, aşağıdaki gibi devam edin:
l
l
l
l
l
Tüm pikler belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm
değerinden azsa, kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesi başarılıdır. Adım (12) ile devam
edin.
Tüm pikler belirlenmişse, ancak piklerden herhangi biri için maksimum
Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın.
Piklerden bazıları belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm
değerinden azsa, adım (10) ile devam edin.
Piklerden bazıları belirlenmişse, ancak piklerden herhangi biri için maksimum Err/ppm
sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın.
Piklerden hiçbiri belirlenmemişse, adım (11) ile devam edin.
10. Apply düğmesine
düğmesine
tıklayın ve otomatik pik belirlenmesi işlemini Automatic Assign
tıklayarak tekrarlayın.
Tüm piklerin belirlendiğini ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden
az olduğunu kontrol edin.
l
l
Tüm pikler belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm
değerinden azsa, kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesi başarılıdır. Adım (12) ile devam
edin.
Tüm pikler belirlenmemişse veya piklerden herhangi biri için maksimum
Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın.
Sayfa 8 / 12
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Düzeltme D
Bruker
11. Spektrumda pikin sol tarafına tıklayarak m/z 6255,4 Da pikini manuel olarak seçin. Başarılı bir pik
belirlemesi için, pikin yanındaki dikey çizgi kırmızıdan yeşile dönmelidir (ilişkili veri kalibrasyon pik
listesine girilir). Apply düğmesine
tıklayın ve otomatik pik belirlemesi işlemini
Automatic Assign düğmesine
tıklayarak tekrarlayın.
Tüm piklerin belirlendiğini ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapmasının ±300 ppm değerinden
az olduğunu kontrol edin.
l
l
Tüm pikler belirlenmişse ve tüm pikler için maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm
değerinden azsa, kalibrasyon piklerinin otomatik belirlenmesi başarılıdır. Adım (12) ile devam
edin.
Tüm pikler belirlenmemişse veya piklerden herhangi biri için maksimum
Err/ppm sapması ±300 ppm değerinin üzerindeyse, adım (4) ila (9)'u tekrarlayın.
12. Maksimum Err/ppm sapması ±300 ppm değerine sahip tüm pikler otomatik olarak belirlendikten
sonra, Apply düğmesine tıklayın
.
13. Yeni kalibrasyon değerlerini flexControl yönteminde ( MBT_FC.par) kaydedin. Save method as
araç çubuğu düğmesine tıklandığında,
Save flexControl Method As diyaloğu açılır. Save
düğmesine tıklayın. Doğrulama diyaloğunda Yes düğmesine basarak dosya ( MBT_ FC.par )
değişimini doğrulayın (Şekil 5).
Şekil 5
Belirtilen yöntem dosyasının değiştirilmesi hakkındaki doğrulama diyaloğu
7.2.2
Otomatik Kalibrasyon Prosedürü
Not
Otomatik kalibrasyon prosedürü için flexControl 3,3 veya üzeri gereklidir.
1. IVD
BTS
örneği
ile
spektrometresine yerleştirin.
hazırlanan
MALDI
hedefini
MALDI- TOF
kütle
2. flexControl'ün çalıştığından emin olun.
3. Ölçüm
ve
kalibrasyon
için
MBT_ FC.par
standart flexControl yöntemini kullanın.
Düzeltme D
(Doğrusal
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
ve
Pozitif
mod)
Sayfa 9 / 12
Bruker
4. flexControl yönteminin kalibrasyon ayarlarını ayarlamak veya kontrol etmek için Tools > Method
Calibration Parameters (Şekil 6) sekmesini seçin.
Not
Şekil 6
Kalibrasyon parametrelerinin ayarlanması sadece ilk (başlangıç) kalibrasyonunda
gereklidir. Daha sonraki kalibrasyonlarda, sadece doğru autoX yönteminin
(MBT_AutoX) seçildiği kontrol edilmelidir.
Tools menüsünden Method Calibration Parameters komutu
5. Şekil 7'de gösterilen oto kalibrasyon parametre ayarlarını girin veya kontrol edin. Ardından, OK
düğmesine tıklayın.
Şekil 7
Sayfa 10 / 12
Edit Auto Calibration Parameters diyalog
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Düzeltme D
Bruker
6. Calibration sekmesinde ( Şekil 3 ), Peak Assignment Tolerance parametresinin 1000 ppm
maksimum değerine ayarlandığını kontrol edin (Şekil 8).
Şekil 8
Peak Assignment Tolerance parametresi
7. Kalibrasyon prosedürüne başlamak için, Calibrate düğmesine tıklayın
.
Bir toplam spektrumu, IVD BTS noktası üzerinde farklı konumlardan 6 x 40 lazer atımının
toplanmasıyla elde edilir ve kalibrasyon otomatik olarak tamamlanır. Başarılı bir kalibrasyondan
sonra bir kalibrasyon bilgi diyaloğu açılır (Şekil 9). Kalibrasyonu tamamlamak için OK düğmesine
tıklayın.
Şekil 9
Kalibrasyon Bilgi diyaloğu
8. Kalibrasyon başarısız olursa, otomatik kalibrasyon prosedürü (4) ila (7) adımlarını tekrarlayın veya
bölüm 7.2.1'de açıklanan manuel kalibrasyon prosedürünü takip edin.
Düzeltme D
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Sayfa 11 / 12
Bruker
8
Üretici
Bruker Daltonik GmbH
Fahrenheitstraße 4
28359 Bremen
Almanya
Destek
E-posta:
Telefon:
Faks:
[email protected]
+49 (421) 2205-1401
+49 (421) 2205-106
Satış Bilgileri
E-posta: [email protected]
Telefon: +49 (421) 2205-0
Web:
www.bruker.com/care
# 8290190 veya # 290190
Açıklamalar ve teknik şartnameler, önceki tüm bilgilerin yerine geçer ve bildirim olmaksızın değişime tabidir.
© Telif hakkı 2015 Bruker Daltonik GmbH
Sayfa 12 / 12
IVD Bacterial Test Standard – Kullanım Talimatları
Düzeltme D