Yrd. Doç. Dr. Rozelin AYDIN - Ar-Ge

ÖZGEÇMİŞ
ROZELIN AYDIN
[email protected]
1.
Adı Soyadı: Rozelin AYDIN
2.
Doğum Tarihi: 05.01.1982
4.
Öğrenim Durumu: PhD
Derece
Lisans
Alan
Su Ürünleri Mühendisliği
Üniversite
Çukurova Üniversitesi
Yıl
2003
Yüksek Lisans
Su Ürünleri
Mühendisliği/ Cell
Biology and Immunology
& Aquaculture and
Fisheries
Mikrobiyoloji
Cukurova Universitesi
Wageningen Universitesi
2006
Wageningen Üniversitesi
2012
Doktora
5.
Akademik Unvanlar:
Wageningen Universitesi, Mikrobiyoloji Laboratuvari, Molekuler Ekoloji Anabilim
Dalında Araştırma Görevlisi, 2007-2011.
Wageningen Universitesi, Mikrobiyoloji Laboratuvari, Molekuler Ekoloji ve
Mikrobiyal Fizyoloji Anabilim Dalinda Postdoc, 2011 Haziran- 2012 Ekim.
6.
Yapmis oldugu Yuksek Lisans ve Doktora Tezleri
6.1. Yuksek Lisans Tezleri
1
Aydin R., 2006. Chitosan uygulanan tilapia (Oreochromis niloticus) bireylerinde bazi
immunolojik parametrelerin etkisinin arastirilmasi // The research on the efffect of
chitosan on some immunologic parameters for applied Tilapia (Oreochromis
niloticus) individuals.
Aydin R., 2006. Alterations of the distal intestinal permeability and the endocytosis
process in Atlantic salmon (Salmo salar L.) fed a soybean meal-based diet.
6.2. Doktora Tezi
Aydin R., 2012. Searching for branched glycerol dialkyl gylcerol tetraether membrane
lipid producing bacteria in soil.
7.
Yönetilen Yüksek Lisans ve Doktora Tezleri
7.1. Yüksek Lisans Tezleri
Achirul Nditasari- Physiological and molecular characterization of enrichment cultures
producing branched GDGT membrane lpids from Têt Watershed sample, Southwest
France.
7.2. Doktora Tezleri
Naiara Roja Azeto –
decontamination.
8.
Microbial anaerobic sulfate reduction for heavy metals
Yayınlar
8.1. Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler (SCI & SSCI & Arts
and Humanities)
Aydin R.,Balk M., Peterse F., Schouten S., Sinninghe Damste J.S., Stams A.J.M., Smidt
H. 2013. Searching for GDGT lipids producing bacteria in soil samples. Journal of
Environmental Microbiology (submitted soon).
Aydin R., Balk M., Peterse F., Schouten S., Sinninghe Damste J.S., Stams A.J.M, Smidt
H. 2013. Effect of temperature gradients on the microbial community structure of
soils near hot spring. Applied and Environmental Microbiology(submitted soon).
Aydin R., Nditasari A., Peterse F., Balk M., Schouten S., Sinninghe Damste J.S., Smidt
H., Stams A.J.M. 2013. Microbial community structure of soil samples enriched with
methanol at different pH and temperature. Applied and Environmental Microbiology
(submitted soon).
Siavash A., Aydin R., Maphosa F., Smidt H. 2013. Effects of İnstallation Of A
Wastewater Treatment Plant On Bacterial Diversity İn The Hyporheic Zone Of A
Eutrophic River. Journal of ISME. (submitted soon).
2
Aydin R., Rijpstra W.I.C., Schouten S., Sinninghe Damste J.S., Smidt H., Stams A.J.M.,
2013. Identification and characterization of Azospirillum SSRF. International Journal
of Systematic Microbiology. (manuscript in preparation).
Aydin R., Maphosa F., Smidt H. 2013. Microbial characterization of Angled Core
Samples of a zerovalent iron barrier in Belgium. Applied and Environmental
Microbiology. (manuscript in preparation).
Paulo A., Aydin R., Plugge C., Stams A.J.M. 2013. Bacterial diverstiy in anaerobi
enrichments degrading sodium lauryl ether sulphate. (manuscript in preparation).
Aydin R., Balk M., Smidt H., Leo van Overbeek, Stams A.J.M., Dedysh S.N., 2013. The
cosmopolitan Acidobacteria and their role in natural environments. FEMS
Microbiology. Ecology. (INVITED REVIEW- Under revision-resubmitted- accepted) .
Gelder, A.H., Aydin R., Alves, M.M., Stams, A.J.M., 2011. Glycerol fermentation by a
newly isolated Trichococcus strain. Journal of Microbial Biotechnology 5: 573-578
P.A. Uran, R. Aydin, J.W. Schrama, J.A.J Verreth and J.H.W.M. Rombout, 2008. Brief
Communications: Soybean meal-induced uptake block in Atlantic Salmon Salmo
Salar distal enterocytes. Journal of Fish Biology 73, 2571-2570.
8.5. Uluslararası bilimsel
(Proceedings) basılan bildiriler
toplantılarda
sunulan
ve
bildiri
kitabında
1. YAPILAN SUNUMLAR
1. Wageningen University, Laboratory of Microbiology, PhD&PD meeting
Wageningen/The Netherlands, March 2007 & November, 2012
2. Darwin Days & Netherlands Annual Ecology Meeting - Investigation of the
synthesis of branched glycerol dialkyl glycerol tetraethers (GDGT) membrane lipids by
anaerobic soil bacteria. Veldhoven/The Netherlands, April 21-22, 2010.
3. Harvard University, Department of Microbiology and Molecular Genetics, Kolter
Lab - Tracing the biology behind novel paleoenvironmental proxies: Identification and
ecophysiology of anaerobic soil bacteria producing branched GDGT membrane lipids.
Boston, MA/USA, April 15, 2009.
4. Woods Hole Oceanographic Institute- Tracing the biology behind novel
paleoenvironmental proxies: Identification and ecophysiology of anaerobic soil bacteria
producing branched GDGT membrane lipids. Woods Hole, MA/USA, April 16, 2009
5. Konstanz Symposium- Can anaerobic bacteria produce branched GDGT membrane
lipids? Wageningen/The Netherlands, March 6-8, 2008.
3
2. POSTER BILDIRILERI
1-Microbial Sulfate Reduction For Heavy Metals Recovery, R. Aydin, N. Rojo, A.H. van
Gelder, A.J.M. Stams. 5th Congress of European Microbiologists-FEMS 2013, July
21-25, 2013, Leipzig, Germany.
2-Effects of İnstallation Of A Wastewater Treatment Plant On Bacterial Diversity İn The
Hyporheic Zone Of A Eutrophic River. S. Atashgahi , R. Aydin, D. Sipkema, K.
Hamonts, F. Maphosa, D. Springael, H. Smidt, W. Dejonghe. 5th Congress of
European Microbiologists-FEMS 2013, July 21-25, 2013, Leipzig, Germany.
3-Bacterial diverstiy in anaerobic enrichments degrading sodium lauryl ether sulphate.
Ana Paulo, Rozelin Aydın, Caroline Plugge, Pedro Garcia-Encina, Alfons Stams. 13th
World Congress on Anaerobic Digestion. June 25-28, 2013, Santiago de Compostela,
Spain.
4- Microbial characterization of angled core samples of a zerovalent iron barrier in
Belgium. R. Aydin, F. Maphosa, Q. Simons, H. Sapion, S. Van Roy, N. Hermans,
Bastiaens L., H. Smidt.. ISME 14: 14th International Soceity of Microbial Ecology.
Denmark, August 19-24, 2012.
5- Effect of pH and temperature on the enrichment of aerobic methylotrophs. Rozelin
Aydin, Francien Peterse, Melike Balk, Stefan Schouten, Jaap S. Sinninghe Damste,
Hauke Smidt, Alfons J:M: Stams. ISME: 14th International Soceity of Microbial
Ecology. Denmark, August 19-24, 2012.
6- Identity and Ecophysiology of Bacteria Producing GDGT membrane lipids. Rozelin
Aydin, Francien Peterse, Melike Balk, Stefan Schouten, Jaap S. Sinninghe Damste,
Hauke Smidt, Alfons J:M: Stams..Ecology of Soil Microorganisms. Prague/Czech
Republic, April, 27-May, 1, 2011.
7- 100th Anniversary NVvM & Scientific Meeting 2011
Arnhem/The Netherlands, April 18-22, 2011
8- Darwin Days & Netherlands Annual Ecology Meeting
Arnhem/The Netherlands,, February 7-9, 2011
9. ISME 13: 13th International Symposium on Microbial Ecology
Seattle, WA/USA, August 22-27, 2010
10. 3rd Congress of European Microbiologists - FEMS
Gothenburg/Sweden, June 28- July 2, 2009
11.
Darwin Days & Netherlands Annual Ecology Meeting
4
Veldhoven/The Netherlands, April 6-7, 2009
12. Darwin Days & Netherlands Annual Ecology Meeting
Veldhoven/The Netherlands, March 28-29, 2008
13. Darwin Days & Netherlands Annual Ecology Meeting
Veldhoven/The Netherlands April 26-27, 2007
8.6. Yazılan uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler
Rozelin Aydin, Searching for Branched Glycerol Tetraether Membrane Lipid Producing
Bacteria in Soil, 2012. ISNB 978-94-6173-379-5.
Paulo Uran, Etiology of Soybean-induced enteritis in fish (2008) adli kitap- Bolum 5.
P.A. Uran, R. Aydin, J.W. Schrama, J.A.J Verreth & J.H.W.M Rombout. Soybean
meal-induced uptake block in the distal enterocytes of Atlantic salmon (Salmo salar
L.).
8.7. Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler
Rozelin Aydin, Ibrahim Cengizler.2006. Kitosan uygulanan tilapia (Oreochromis
niloticus) bireylerinde bazi immunolojik parametrelerin etkisinin arastirilmasi.
Cukurova Universitesi Fen Bilimleri Dergisi.
8.8. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında basılan bildiriler
8.8.1.XVII Ulusal Biyoloji Kongresi, 21-24 Haziran 2004. Aflatoksinin balik yemleri
uzerindeki etkisinin arastirilmasi.
8.8.2. Birinci Bolgesel Ogrenci Gida Sempozyumu, Adana, 17-18 Nisan 2003. Balik
zoonozlari.
8.9. Diğer yayınlar
9.
Projeler
9.1. Soybean meal-induced uptake block in Atlantic salmon Salmo salar distal
enterocytes. 2005. Araştırmacı, Süre 9 ay.
9.2. Searching for branched glycerol dialkyl glycerol tetraether membrane lipid
producing bacteria in soil. Wageningen Universitesi ve NIOZ ( Netherlands Institute
of Sea Research) projesin de Wageningen Universitesi’nde araştırmacı. Süre 4 sene 3
ay.
9.3. Microbial anaerobic sulfate reduction for heavy metals decontamination. Nystrar
(Budel, The Netherlands) sirketi ile Wageningen Universi Mikrobiyoloji Labi’nda ki
Mikrobiyal Fizyoloji Grubunun ortak projesinde araştırmacı postdoc olarak çalışma.
Süre 7 ay.
9.3. ECOLINC (Dutch Ecogenomics Innovation Centre) ve Bioclear projelerinde ileri
molekuler teknikler kısmında bioremidiation üzerine araştırmacı postdoc olarak
calışma. Sure 1 yil.
5
10.
İdari Görevler
10.1.Biyomühendislik Bölümü Bölüm Başkan Vekili, 01.04.13 –
10.2.AR-GE ve Teknoloji Ofisi (ARGET) Yürütme Kurulu Üyesi, 29.04.1310.3.Erasmus Bölüm Koordinatörü, 20.06.1310.4.Wageningen Üniversitesi Araştırma Görevlileri Yürütme Kurulu Üyesi (2008-2011).
10.5.SENSE (Netherlands Research School for the Socio-Economic and Natural
Sciences of the Environment) araştırma görevlileri komisyonunda/kurulunda yabancı
uyruklu araştırma görevlilerinin sorunlarını çözmede Yürütme Kurulu Üyesi (2072011).
11. Bilimsel ve Mesleki Kuruluşlara Üyelikler
11.1. NVvM, The Netherlands Microbiology Society
11.2. ISME , International Society of Microbial Ecology
11.3. ASM , American Society for Microbiology
11.4. FEMS, Federation of European Microbial Societies
12. Ödüller & Burslar
En iyi poster odulu, The Ecology of Soil Microorganism, 2011. Prague, Czech Republic
Socrates-Erasmus Öğrenci Değisim Programı/Bursu, 2005 Ekim -2006 Temmuz.
13. Son iki yılda verdiğiniz lisans ve lisansüstü düzeydeki dersler için aşağıdaki
tabloyu doldurunuz.
Ingilizce olarak verilmistir.
Akademik Yil
2007-2008
2008-2009
2009-2010
2010-2011
2011-2012
Haftalik
saati
Donem Dersin Adi
Mikrobiyal
Bahar Fizyoloji
Mikrobiyal
Bahar Fizyoloji
Mikrobiyal
Bahar Fizyoloji
Mikrobiyal
Guz
Fizyoloji
Mikrobiyal
Guz
Fizyoloji
6
Ogrenci Sayisi
12
50
12
50
12
50
12
50
12
50
14. Katıldığı workshoplar /Sertifikalar
1-TS EN ISO/IEC 17025 Kalibrasyon Laboratuvarlarının Yeterliliği İçin Genel Şartlar
Temel Eğitimi, Katılım Sertifikası, 20.05.13-21.05.13, Adana.
2-TS EN ISO/IEC 17025 Deney Laboratuvarlarının Yeterliliği İçin Genel Şartlar İç
Tetkik Eğitimi, Katılım Sertifikası, 23.05.13-24.05.13, Adana.
3-TS EN ISO/IEC 17025 Deney Laboratuvarlarının Yeterliliği İçin Genel Şartlar
Dokümantasyon Eğitimi, Katılım Sertifikası, 22.05.13, Adana.
4-Nano Teknoloji Temelli Real-Time PCR Teknikleri Uygulamalı Kursu, Katılım
Belgesi, 14-15 Mart 2013, Mersin Üniversitesi, Mersin.
5-1.Çukurova Biyoteknoloji Günleri, Katılım Belgesi, 21-22 Mart 2013, Adana.
6-TULİP-Türkiye Üniversite Liderlik İyileştirme Programı, Katılım Belgesi, April 2013,
Düzce.
7-Endüstriyel Simbiyoz ve Temiz Üretim AR-GE Proje Pazarı, Katılım Belgesi, 22 April
2013, Adana.
8-Merck-Millipore Laboratuvar Kimyasalları&Ekipmanları Semineri, Katılım Belgesi, 08
May 2013, Adana.
9-QIIME/MG-RAST Workshop, Chopenhagen, 18th-19th August, 2012.
10-Next Generation Sequencing Workshop, Leiden, 17th-19th March, 2010.
11-Phylogeny/ARB Workshop, Wageningen, 2nd-4th September, 2009.
12-Fish Immunology/Vaccination Workshop, Wageningen, 18th-22nd, April, 2006.
15. Uluslararası İndekslere Kayıtlı Makale/Derleme İçin Yapılan Danışmanlık
Sayısı
15.1. Journal of Federation of Microbiology Ecology, 2013
15.2. Journal of Chemistry, 2013
16. Laboratuvar Teknikleri
DNA izolasyonu, PCR, Cloning, Phylogenetic Analysis (ARB, MEGA5, Bioedit),
Fingerprint (DGGE), Anaerobic & Aerobic kultivasyon teknikleri, İzolasyon, NGS
sequencing (Yeni nesil sekanslama) ve data analizi (QIIME) and assembly,
Bioinformatik, Histoloji teknikleri, Konfokal mikroskop kullanimi, HPLC, Dionex, GC.
7
17. Bilgisayar Teknikleri
Microsoft Office Uygulamalari, Adobe In Design, Photoshop, Adobe Illustrator & CS6
grafik/kitap dizayn programlari
8